Pendant les deux premières années du Directoire, les royalistes, qu'ils soient absolutistes ou constitutionnels, se signalent par l'intensité de leur activité contre-révolutionnaire. Utilisant aussi bien les rares moyens légaux à leur disposition que la violence, ils complotent opiniâtrement en vue d'une hypothétique restauration, aidés en cela par quelques hautes personnalités issues des rangs révolutionnaires, tels les généraux Jean-Charles Pichegru et Jean Victor Marie Moreau. Il ne faut rien moins qu'un coup d'État, organisé par les Directeurs eux-mêmes, le 18 fructidor an V, pour leur barrer la route. Coup d'État dont le bras armé est le général Charles Augereau, envoyé d'Italie par Napoléon Bonaparte.
La nouvelle stratégie des royalistes
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Au lendemain de l'échec du 13 vendémiaire, la branche royaliste dite des constitutionnels renonce à la violence et se résout à entreprendre la conquête du pouvoir par la voie électorale. Dans ce but, elle crée les « Instituts philosophiques ». Il s'agit d'organismes départementaux publiquement destinés à la charité et à la philanthropie, mais secrètement occupés à la destruction du régime. Leur objectif caché est d'écarter des urnes les républicains et d'y attirer au contraire les « honnêtes gens ». Ces instituts sont composés de deux groupes : les « fils légitimes », royalistes militants, fréquemment absolutistes, et les « amis de l'ordre », modérés, qui ne connaissent pas l'existence des premiers.
L'action de ces structures est couronnée de succès. Lors des élections du 1er germinal an V (21 mars 1797), sur 216 conventionnels, 13 seulement sont réélus, dont à peine 8 républicains (parmi lesquels Joseph Bonaparte, frère aîné de Napoléon).
Une situation politique explosive
Les monarchistes, d'abord tentés par une restauration immédiate, décident finalement d'attendre les élections suivantes, en l'an VI, avant d'agir. Ils pensent entre temps progresser encore dans l'opinion publique et réorganiser la garde nationale à leur profit en plaçant partout à sa tête des officiers de leur bord. Ensuite, une fois les nouvelles élections passées et la quasi-totalité des conventionnels restants battus ‒ comme tout le laisse présager ‒ les royalistes profiteront de leur majorité dans les chambres pour forcer le Directoire à en passer par leurs volontés.
Dans l'immédiat, les Conseils (Anciens et Cinq-cents) décident d'un certain nombre de mesures réactionnaires (abrogation des lois contre les émigrés et les prêtres réfractaires) qui font rapidement sentir leurs effets, au premier rang desquels la réapparition d'une Terreur blanche, qui n'est pas sérieusement combattue.
Les Républicains s'inquiètent de cette dérive, notamment l'armée d'Italie et son haut-commandement qui font l'objet de vives critiques de la part des conseils nouvellement élus. Napoléon Bonaparte proteste contre les nouvelles lois et fait voter par ses soldats, le 14 juillet 1797, des proclamations menaçantes à l'égard des royalistes : Soldats, des montagnes nous séparent de la France, vous les franchirez avec la rapidité de l'aigle, s'il le fallait, pour maintenir la Constitution.
Mais sur les cinq Directeurs, deux seulement sont résolument hostiles aux royalistes et déterminés à les combattre : Louis-Marie de Larevellière et Jean-François Reubell. François Barthélémy, lui, nommé après les élections et avec les voix des monarchistes, est rallié à leurs idées. Lazare Carnot, pour sa part, hésite à prendre parti. Quant à Paul-François de Barras, il tergiverse. S'ensuit une situation de crise politique dont seules les dissensions entre royalistes atténuent d'abord la violence.
Les papiers du comte d'Antraigues
Tout au long de la campagne d'Italie, un officier général de l'armée d'Italie ‒ que les historiens n'ont jamais pu identifier malgré leurs efforts ‒ alimente en renseignements une officine royaliste dirigée par Emmanuel-Louis-Henri de Launay, comte d'Antraigues. Les informations transmises dévoilent aux autorités autrichiennes et britanniques l'essentiel des plans de Napoléon Bonaparte.
Bien que ces fuites n'aient pas permis aux Alliés d'éviter une accumulation de défaites, Bonaparte, au printemps 1797, décide de mettre fin aux agissements du comte d'Antraigues, dont les activités d'espionnage lui sont connues.
Le comte est donc arrêté le 16 mai, et enfermé à Milan. Les papiers saisis sur sa personne sont portés à la connaissance de Bonaparte qui, après leur lecture, s'entretient longuement en tête-à-tête avec son prisonnier. Il oblige ensuite celui-ci à en rédiger un résumé.
Il n'est pas totalement certain que ce résumé ait été tout à fait conforme à l'original. La question se pose de savoir si Bonaparte n'en a pas fait éliminer les passages susceptibles de compromettre certains de ses officiers. Il est d'ailleurs à noter que le prisonnier voit sa situation s'améliorer grandement après son travail de secrétariat. Tiré de son cachot, il est bientôt autorisé à vivre en résidence surveillée avec femme et enfants, et s'évade peu après sans difficulté. D'Antraigues lui-même prétendra plus tard que le contenu du mémoire lui avait été dicté par Bonaparte. Cette assertion semble cependant peu crédible, d'autres documents confirmant la teneur du rapport.
Toujours est-il que c'est sur ce document que va s'appuyer le gouvernement pour convaincre le général Pichegru de trahison et justifier le coup d'Etat du 18 fructidor an V.
La crise
Tandis que les manifestes républicains votés par ses troupes se diffusent dans toute la France, Napoléon Bonaparte envoie au Directoire le document rédigé par le comte d'Antraigues, ce qui a pour effet d'amener Barras à se rapprocher de Larevellière et Reubell. Les trois Directeurs républicains conservent d'abord par devers eux ces papiers et attendent le moment propice pour en divulguer le contenu.
Le Directoire se livre ensuite à un remaniement du gouvernement. Mais alors que les royalistes réclament depuis un certain temps cette mesure, les personnalités nommées sont loin de correspondre à leurs attentes : Lazare Hoche, en particulier, hérite du ministère de la Guerre. S'abritant derrière le projet de descente en Angleterre et les mouvements de troupes qu'il nécessite, le nouveau ministre rapproche ses soldats de Paris. Aussitôt, les Conseils apostrophent le Directoire avec véhémence. Ils ont le droit pour eux : Hoche, trop jeune, ne remplit pas les conditions légales pour être ministre ; ses troupes ont violé une règle constitutionnelle en approchant de la capitale à moins de soixante kilomètres. Pour cette fois, le Directoire s'incline : Hoche est destitué et ses hommes doivent s'éloigner de Paris.
Mais les royalistes échouent à pousser leur avantage. Pichegru et Moreau tergiversent et, en fin de compte, ne font rien.
Le coup d'État
Le Directoire, après Hoche, se tourne vers Napoléon Bonaparte. Celui-ci, soucieux à la fois de ne pas se compromettre directement et d'éviter de se susciter un rival, dépêche en France Charles Augereau, républicain convaincu et médiocre politique. Instruit par l'expérience récente, on distribue aux soldats de ce dernier d'innombrables congés. Ils peuvent ainsi se répandre dans Paris sans tomber à leur tour sous le coup de la loi.
Le 13 fructidor, Larevellière prononce contre les royalistes un discours véhément qu'ils laissent passer sans réagir. Pichegru s'en tient en effet à la stratégie de temporisation des monarchistes. C'est une faute. Quand ils se décident à agir, par voie parlementaire, en demandant, le 17 fructidor, la mise en accusation des Directeurs, il est trop tard.
Dans la nuit du 17 au 18 fructidor, Augereau, fort de 12 000 hommes et de 50 canons, secondé par Jean Christophe Collin, dit Verdière, autre général de l'armée d'Italie, fait occuper militairement Paris. Les portes de la ville sont verrouillées, la poste suspendue, les chefs des royalistes constitutionnels ‒ le président du conseil des Cinq-cents, Joseph Jérôme Siméon, celui du conseil des Anciens, les généraux Pichegru, Moreau et Amédée Willot, les Directeurs Barthélémy et Carnot (qui parvient à s'enfuir) ‒ nombre de députés et de journalistes, sont arrêtés et, pour une partie d'entre eux, incarcérés dans la prison du Temple. Dans le même temps, les murs de Paris sont couverts d'affiches qui révèlent la trahison de Jean-Charles Pichegru, en se fondant sur les papiers du comte d'Antraigues.
Dans la journée, les élections de 49 départements sont annulées par les Conseils épurés et les battus déclarés élus. Peu après, les principaux dirigeants arrêtés sont condamnés à la déportation en Guyane (la guillotine sèche).
Au soir du 18, tout est terminé. Aucun coup de feu n'a été tiré, nulle victime n'est à déplorer.
Conséquences du coup d'État
Le 18 fructidor marque un renforcement de l'exécutif au détriment du législatif, évolution appelée à se poursuivre. Un gouvernement honnête et fort, voilà ce que je veux.
écrit Napoléon Bonaparte à Charles-Maurice de Talleyrand-Périgord dès le 19 septembre suivant.
Par ailleurs, s'il permet au Directoire de s'octroyer un sursis, le coup d'État ne met pas fin aux menées des contre-révolutionnaires. Ceux-ci ne se tiennent pas pour battus. Ils vont poursuivre leur action contre un pouvoir qui a perdu sa légitimité démocratique et qui ne doit plus qu'à l'armée de perdurer. Soldats ! éloignés de votre patrie et triomphants de l'Europe on vous préparait des chaînes ; vous l'avez su, vous avez parlé : le peuple s'est réveillé, a fixé les traîtres, et déjà ils sont aux fers
proclame Bonaparte quelques jours plus tard. Devenu l'homme fort du régime, celui-ci sait désormais le pouvoir à sa portée et ne voit plus dans les membres du gouvernement que ses obligés. Deux ans plus tard, il saura s'en souvenir et le leur rappeler. En attendant, il fait immédiatement la démonstration de sa nouvelle liberté d'action en signant le traité de paix de Campo-Formio, le 17 octobre suivant, sans en référer à Paris.